In silico i in vivo analiza transkriptoma stanične stijenke kvasca Saccharomyces cerevisiae i primjena dobivenih rezultata u konstrukciji novih biotehnoloških sojeva
In silico and in vivo analysis of yeast Saccharomyces cerevisiaecell wall transcriptome and its application in construction of novel biotechnological strains
SAŽETAK
Razvoj najnovijih tehnika sekvenciranja razotkrio je neočekivano veliku složenost transkriptoma eukariotskih stanica. Transkripcija koja se pojavljuje izvan definiranih genskih regija rezultira nastajanjem nekodirajućih RNA (ncRNA). Mi želimo ovim projektom rasvijetliti još uvijek podcijenjeni utjecaj i značaj ncRNA u regulaciji proteina staničnu stijenku kvasca Saccharomyces cerevisiae. Planiramo provesti bioinformatičku meta-analizu te in vivo analizu transkriptoma stanične stijenke kako bi prikupili informacije o transkriptima koji su potencijalno regulirani djelovanjem nekodirajućih RNA pri različitim uvjetima, različitim fazama rasta ili tijekom životnog ciklusa (mitoza i mejoza). Ovaj rad trebao bi rezultirati informacijama koje bi nam omogućile konstrukciju novih sojeva kvasca s izmijenjenim svojstvima stijenke, a što bi pak moglo unaprijediti brojne biotehnološke procese.
ABSTRACT
Developments of deep sequencing techniques have unveiled an unexpected complexity of the eukaryotic transcriptome. Transcription occurring outside of annotated regions leads to the production of non-coding RNAs (ncRNAs). Here, we focus on an as yet underappreciated aspect of influence and significance of these ncRNAs to the cell wall of yeast Saccharomyces cerevisiae. We plan to conduct a bioinformatical meta-analysis and in vivo analysis of the cell wall transcriptome to gain knowledge about transcripts which are possibly regulated by non-coding RNAs under various conditions, different growth phases or along the life cycle (mitosis and meiosis). The outcome of this work should yield information that will enable us to construct novel yeast strains with modulated cell wall properties which could improve different biotechnological processes.